En 1244, Denia capituló a favor del rey Jaime I de Aragón y Pere Eiximén Carrot, que dirigió la conquista de la Marina, llevó a cabo el repartimiento de esta zona. Pero la repoblación fue lenta y poco efectiva hasta que no finalizaron las revueltas musulmanas de Al-Azraq en 1279.

Las primeras noticias documentales que hablan de Jávea parten del rey Jaime II, fruto de la necesidad de reforzar las tierras del sur, ya que el siglo xiv comienza marcado por dos conflictos: la guerra con Castilla desde el 1296 y las razzias de los granadinos (1304-1308), con la ayuda de la población morisca del reino.

En 1397 se le otorga el título de villa con Consejo y término, pero continúa formando parte del Marquesado de Denia.

El siglo xv comienza con la recuperación y el aumento de la población, con un claro reflejo en el urbanismo.

En 1502 los brotes de peste eran relativamente habituales, pero parece que Jávea no fue muy afectada como lo demuestran los datos demográficos de que disponemos. En 1510, habitaban unas 930 personas ―la mayor población de la comarca― y un siglo después alcanzaba los 1800 habitantes. La mayor preocupación de la monarquía en el siglo xvi fue la «cuestión morisca», problema que acabó en el reinado de Felipe III con la expulsión de los moriscos en 1609, menguando la población de los valles interiores de la comarca.

Los frecuentes ataques de los piratas hicieron a los naturales de la villa adentrarse 2 km de la costa y amurallarse en un recinto que se mantuvo hasta 1877. Este recinto constituye el actual núcleo histórico que, en torno a la iglesia gótica de San Bartolomé, caracteriza hoy a Jávea con sus casas encaladas, enrejados de hierro y dinteles labrados en una porosa tierra dorada llamada «tosca».

Jávea participó en la guerra de sucesión española (1702-1713) junto al bando borbónico, por lo cual obtuvo a cambio una serie de privilegios que la impulsarán demográfica y económicamente a lo largo de la centuria, por delante del resto de la comarca, partidaria del bando austracista. Junto con los títulos honoríficos (Lealísima y Real) obtendrá para el puerto una concesión de exportación de mercancías y frutos del país. Esto, unido a su situación, a resguardo de los temporales, y su capacidad para embarcaciones de gran tonelaje, convertirán al puerto en el activador de la economía local, primero con la importación de trigo y después con el comercio de la pasa.

La economía de la población, eminentemente agrícola, se basaba en los cultivos de secano: trigo, almendro, viña, algarrobo y olivo. El trigo fue el más importante, tanto el local como el importado de Sicilia. Su transformación en harina provocó el desarrollo de la molinería, como es el caso de los molinos de viento de La Plana y los de agua de Les Barranqueres. Cabe destacar la creciente importancia de la elaboración y comercialización de la pasa que culminará en el siglo xix.

Entre 1810 y 1812 transcurre la guerra de Independencia, con diferentes incursiones en la villa de Jávea por parte de las tropas acuarteladas en el castillo de Denia. A partir de la segunda mitad del siglo xix, la producción, elaboración y exportación de pasa se convertirá en el motor de la modernización gracias a un fuerte aumento de la demanda de los mercados nordeuropeos y americanos que llevan a la aparición de una burguesía mercantil local.

En pleno siglo xx, en la década de los 1960, Jávea se convierte en un destino turístico al igual que el resto del Levante español.