La entrada a la basílica se realiza a través de la bóveda plana del sotacoro, un prodigio técnico de la estereotomía de la piedra debido al mismo . Ocho hiladas concéntricas de piedra quedan entre los pilares, justo bajo el gran peso del facistol. La leyenda dice que cuando Felipe II la vio por primera vez, el arquitecto había construido un falso pilar que no llegaba a tocar el techo. Cuando Herrera pasó una hoja de papel entre el pilar y la bóveda para demostrar que se suspendía sóla, el por una vez jocoso rey reprendió a su arquitecto: «Herrera, Herrera, con los reyes no se juega».