A diferencia de las otras tres puertas monumentales de la ciudad (las de Alcalá, Toledo y San Vicente), la Puerta de Hierro no se encuentra en el casco urbano, sino en las afueras. Tal ubicación responde a su función original. Fue erigida como entrada al Real Sitio de El Pardo, una zona de caza reservada a la monarquía española.

Se edificó entre 1751 y 1753, durante el reinado de Fernando VI, a cuya iniciativa se debió también la de una valla que rodeaba el perímetro del Monte de El Pardo, así como el cercano puente de , cuyas obras se realizaron al convertirse el monte de El Pardo en «coto redondo». La citada tapia tenía como misión impedir el furtivismo y evitar que los animales salvajes del coto escapasen.

A principios del siglo xx, circulaba por los vanos de la puerta el tranvía que comunicaba la zona de La Florida con el pueblo de El Pardo, explotado por la «Sociedad del Tranvía de vapor de Madrid a El Pardo»,1​ fundada en 1903 y clausurada en 1917 por dificultades económicas.

La puerta no se encuentra en la actualidad en su original. En 1991 fue desmontada piedra a piedra y trasladada a una isleta cercana a su primitivo enclave, para facilitar la ampliación de la carretera A-6.