Nació en Burgos (España) el 9 de abril de 1911, de una familia de alta sociedad y profundamente religiosa. En esa misma ciudad fue bautizado y confirmado. Comenzó sus estudios en el colegio de los padres jesuitas y recibió por primera vez la Eucaristía en 1919.

En esos años tuvo la primera visita de la que habría de ser su asidua compañera: una enfermedad de fiebres colibacilares que le obligó a interrumpir sus estudios. Cuando se recuperó, su padre, en agradecimiento a lo que consideró una intervención especial de la santísima Virgen, a finales del verano de 1921 lo llevó a Zaragoza, donde lo consagró a la Virgen del Pilar.

Su familia se trasladó a Oviedo, y allí continuó sus estudios de , en el colegio de los padres jesuitas y al terminar se matriculó en la Escuela superior de arquitectura de Madrid, donde supo unir el estudio con una ardiente y asidua vida de piedad; había introducido en su horario de estudio una larga visita diaria a «el Amo» en el oratorio de Caballero de Gracia, y participaba puntualmente en su turno de adoración nocturna.

De inteligencia brillante y ecléctica, Rafael tenía destacadas dotes para la amistad y buen trato. Poseía un carácter alegre y jovial; era deportista, rico en talento para el dibujo y la pintura; le gustaba la música y el teatro. A la vez que crecía en edad y desarrollaba su personalidad, crecía también en su experiencia espiritual de vida cristiana.

En su corazón bien dispuesto a escuchar Dios quiso suscitar la invitación a una consagración especial en la vida contemplativa. Había conocido la trapa de San Isidro de Dueñas y se sintió fuertemente atraído porque la percibió como el lugar que correspondía a sus íntimos deseos. Así, en diciembre de 1933 interrumpió sus cursos en la universidad, y el 16 de enero 1934 entró en el monasterio de San Isidro.

Después de los primeros meses de noviciado y la primera Cuaresma vividos con entusiasmo en medio de las austeridades de la trapa, de improviso Dios quiso probarlo misteriosamente con una penosa enfermedad: una aguda diabetes sacarina, que lo obligó a abandonar apresuradamente el monasterio y a regresar a casa de sus padres para ser cuidado adecuadamente.

Regresó a la trapa apenas restablecido, pero la enfermedad le obligó a abandonar varias veces el monasterio, donde volvió otras tantas veces para responder generosa y fielmente a la llamada de Dios.

Se santificó en la gozosa y heroica fidelidad a su vocación, en la aceptación amorosa de los planes de Dios y del misterio de la cruz, en la búsqueda apasionada del rostro de Dios; le fascinaba la contemplación de lo Absoluto; tenía una tierna filial devoción a la —la «Señora» como le gustaba llamarla—. Falleció en la madrugada del 26 de abril de 1938, recién cumplidos los 27 años. Fue sepultado en el cementerio del monasterio, y después en la iglesia abacial.

Muy pronto su fama de santidad se extendió fuera de los muros del convento. Sus numerosos escritos ascéticos y místicos continúan difundiéndose con gran aceptación y para el bien de cuantos entran en contacto con él. Ha sido definido como uno de los más grandes místicos del siglo XX.

El 19 de agosto de 1989 el , con ocasión de la Jornada mundial de la juventud en , lo propuso como modelo para los jóvenes del mundo de hoy y el 27 de septiembre de 1992 lo proclamó beato.

Con su el Papa lo presenta como amigo, ejemplo e intercesor a todos los fieles, sobre todo a los jóvenes.