Las Tortugas han derrotado a los Kraang y lo están celebrando por todo lo alto. Pero sus enemigos no han desaparecido, sólo están preparándose para su siguiente gran golpe. Las tortugas los sorprenden mientras transportan un gran cargamento de mutágeno, que por error acaba cayendo sobre la ciudad? ¡y convierte al padre de April en un mutante mitad hombre mitad murciélago!