Elena Cornaro Piscola nació en el Palazzo Loredan, en Venecia, República de Venecia, el 5 de junio de 1646. Fue la tercera hija de Giovanni Battista Cornaro-Piscopia y de Zanetta Boni, campesina pobre que en ese momento no era legalmente su esposa y con quien tuvo cuatro hijos más. Giovanni Battista era procurador, un cargo muy alto en la república, lo que le permitía residir en la Plaza de San Marcos. Como hija ilegítima, según la ley veneciana estaba excluida de cualquier privilegio noble, aunque su padre la reconociera. Giovanni y Zanetta se casaron en 1654, pero la situación legal inferior de sus hijos no cambió, para irritación de Giovanni. En 1664, fue nombrado Procuratore di San Marco di Supra, el tesorero de San Marcos, un puesto codiciado y solo superado por el del propio Dux.

Por ello, a pesar de su condición de ilegítima, Elena tuvo muchos pretendientes. La joven los rechazó a todos, pues había hecho un voto de castidad a los once años.​ Al ver su aguda inteligencia, siguiendo el consejo de Giovanni Fabris, un sacerdote amigo de la familia, Elena comenzó a estudiar latín y griego bajo la tutela de distinguidos profesores, y pronto adquirió fluidez en ambos idiomas, a los siete años de edad. También aprendió hebreo, español, francés y árabe, lo que le valió el título de «Oraculum Septilingue».

Años más tarde, estudió matemáticas, filosofía y teología. En 1665, tomó los hábitos de oblati benedettini, aunque sin convertirse en monja. En 1669, tradujo Colloquio di Cristo nostro Redentore all’anima devota, del monje cartujo Giovanni Laspergio, del español al italiano.

Elena fue miembro de varias academias y era bien considerada en toda Europa por sus logros y sus virtudes. Margaret Alic, en su libro Hypatia’s Heritage, menciona que en 1678 ingresó a la Universidad de Padua como conferenciante en matemáticas.

Dedicó los últimos siete años de su vida al estudio y la caridad. Falleció en Padua en 1684 de tuberculosis, y fue sepultada en la Basílica de Santa Justina. En la Universidad de Padua se erigió una estatua en su honor. Tras su muerte, se le realizaron servicios funerarios en Venecia, Padua, Siena y Roma. Sus escritos, publicados en Parma en 1688, constaron de discursos académicos, traducciones y tratados religiosos. En 1685, su alma máter creó una medalla en su honor.

En 1895, la abadesa Mathilda Pynnsent, de las benedictinas inglesas de Roma, abrió la tumba de Elena, colocó sus restos en un nuevo ataúd y señalaron la tumba con una placa conmemorativa.