Nació en Troyes, en la provincia de Champagne (Francia), el Viernes Santo 17 de abril de 1620. Fue bautizada el mismo día en la iglesia de Saint-Jean, una iglesia que estaba ubicada cerca de su casa.  era la sexta hija de una familia de doce. Sus padres eran Abraham Bourgeoys y Guillemette Gamier, y tuvo el privilegio de crecer en un medio de clase media y completamente cristiano.

Marguerite tenía diecinueve años cuando perdió a su madre. Al año siguiente, 1640, en el transcurso de una procesión el 7 de octubre en honor a Nuestra Señora del Rosario, tuvo una experiencia inolvidable. Sus ojos se posaron en una estatua de la Virgen, y en ese momento se sintió inspirada a retirarse del mundo y consagrarse al servicio de Dios. Con esa fidelidad inmutable a lo que creía que era la voluntad de Dios para ella, fidelidad que caracterizó su vida desde entonces, se dispuso a discernir su específica.

Se inscribió, de inmediato, como miembro de la Congregación externa de Troyes, una de jóvenes dedicadas a la obra caritativa de enseñar a los niños en los distritos pobres de la
pueblo. Mientras se dedicaba a este , conoció la fundación de Ville Marie (Montreal) en Canadá. Era el año 1642, y en ese momento sintió una primera llamada a la vida misionera. Esta llamada se concretó en 1652 cuando conoció a Monsieur de Maisonneuve, fundador y gobernador del iniciado en Nueva Francia, que buscaba a alguien que ofreciera sus servicios para la instrucción gratuita de los niños franceses e indios. Nuestra Señora confirmó la llamada que le fue dirigida: «Vete, no te desampararé», dijo. Así asegurada, Marguerite dejó Troyes en febrero de 1653, con un de total desapego. Llegó a Montreal el 16 de noviembre siguiente y sin demora se puso a trabajar para promover los mejores intereses de la colonia. Ella es considerada, con razón, co-fundadora de Montreal, con la ,Jeanne Mance y el maestro diseñador, Monsieur de Maisonneuve.

Con el fin de alentar a los colonos en su de fe, hizo arreglos para la restauración de la Cruz en Mount Royal después de que fuera destruida por indios hostiles, y emprendió la construcción de una capilla dedicada a Notre-Dame de Bon Secours. Convencida de la importancia de la familia en la construcción de este nuevo país, y percibiendo la trascendencia del papel que debe desempeñar la mujer, se dedicó a la tarea de preparar a aquellas cuya vocación sería la de presidir un hogar. En 1658, en un establo que le había dado el gobernador para su uso, abrió la primera escuela en Montreal. También organizó una Congregación externa, siguiendo el modelo de la que había conocido en Troyes, pero adaptada a las necesidades reales. De este modo,podía responder a las necesidades de las mujeres y las niñas de las que mucho dependía en lo que respecta a la instrucción de los niños. En 1659, comenzó a recibir niñas recomendadas por «les curas» en Francia, o donadas por el Rey, para que vinieran a establecer hogares en Montreal, y ella se convirtió en una verdadera madre para ellas. Así se puso en marcha un sistema escolar y una red de servicios sociales que se extendió gradualmente por todo el país y que llevó a la gente a referirse a Marguerite como «Madre de la Colonia».Así se puso en marcha un sistema escolar y una red de servicios sociales que se extendió gradualmente por todo el país y que llevó a la gente a referirse a Marguerite como «Madre de la Colonia».Así se puso en marcha un sistema escolar y una red de servicios sociales que se extendió gradualmente por todo el país y que llevó a la gente a referirse a Marguerite como «Madre de la Colonia».

En tres ocasiones, viajó a Francia en busca de ayuda. A partir de
1658, el grupo de maestros que se asoció con ella en su vida de oración, de pobreza heroica y de incansable entrega al servicio de los demás, presentó la imagen de un religioso. El grupo se inspiró en el «vie voyagere» de Nuestra Señora y deseaba permanecer sin enclaustramiento, siendo el concepto de una comunidad sin enclaustramiento una innovación en ese momento. Tal fundación ocasionó mucho sufrimiento y el que tomó la iniciativa no se libró. Pero el trabajo avanzó. La Congregación de Notre-Dame recibió su carta civil de Luis XIV en 1671 y la aprobación canónica por decreto del Obispo de Quebec en 1676. Las Constituciones de la Comunidad fueron aprobadas en 1698.

Una vez asegurada la fundación, la hermana Bourgeoys podía dejar el trabajo a otros. Murió en Montreal el 12 de enero de 1700, reconocida por su santidad de vida. Su último acto generoso fue ofrecerse como sacrificio de oración por la recuperación de la salud de una joven Hermana. Cuarenta miembros de la Congregación de Notre-Dame estaban allí para continuar su trabajo.

Los esfuerzos y apostólicos de Marguerite Bourgeoys continúan a través del compromiso de los miembros de la comunidad que ella fundó. Más de 2.600 Hermanas de la Congregación de Notre-Dame trabajan en campos de acción de acuerdo con las necesidades del tiempo y el lugar, desde la escuela hasta el colegio o la universidad, en la de los esfuerzos familiares, parroquiales y diocesanos. Están en misión en Canadá, Estados Unidos, Japón, América Latina, Camerún y, más recientemente, han establecido una casa en Francia.

El 12 de noviembre de 1950 el Papa Pío XII beatificó a Marguerite Bourgeoys. Canonizándola este 31 de octubre de 1982, el Papa da a la Iglesia canadiense su primera mujer santa.