En sus años llevó una vida en su propia casa y lo educó su madre que, cuando murió, Juan se retiró al desierto durante seis años. Se ordenó sacerdote y su especialización pastoral era la predicación. Su objetivo era transformar la vida de sus oyentes, más que exponer teóricamente el mensaje cristiano. En 398 Juan de Antioquía sucedió al Netario en la cátedra de Constantinopla y emprendió una actividad pastoral y organizativa que suscitó admiración y . Era gran predicador, pero no era diplomático. Entonces fue desterrado y poco después fue llamado por el Arcadio porque habían sucedido varias desgracias en palacio. Pero dos meses después era desterrado. Murió en 407 durante su último viaje.