Nació en Santa María de la Paz, de la parroquia de San Juan Bautista del Teúl, Zac. (Arquidiócesis de Guadalajara), el 28 de noviembre de 1866. Capellán de Matatlán, de la parroquia de Zapotlanejo, Jal. (Arquidiócesis de Guadalajara). Por 26 años derramó la caridad de su ministerio en esa capellanía, siendo para todos un padre bondadoso y abnegado que los edificó con su pobreza, su espíritu de sacrificio, su piedad y su sabiduría. Un antiguo compañero, a quien el Padre Flores había protegido, lo denunció ante el cacique de Zapotlanejo y fue apresado el 18 de junio de 1927, cuando se encaminaba a una ranchería para celebrar la Eucaristía. Fue encerrado en un lugar degradante, atado y maltratado; el cacique le hizo escuchar música al mismo tiempo que le ofrecía: «Oye, qué bonita música, si afirmas acatando las leyes, te dejo en libertad». Sin alterarse, el mártir le expresó: «Yo voy a oír una música mejor en el cielo». El Padre José Isabel cumplía la palabra expresada varias veces: «Antes morir que fallarle a Dios». El 21 de junio de 1927 fue conducido, en la noche, al camposanto de Zapotlanejo. Intentaron ahorcarlo pero no pudieron. Ordenó el jefe que le dispararan, pero el soldado, que reconoció al sacerdote que lo había bautizado, se negó a hacerlo, entonces enfurecido el verdugo asesinó al soldado. Misteriosamente las armas no hicieron fuego contra el Padre Flores por lo que uno de aquellos asesinos sacó un gran cuchillo y degolló al valeroso mártir.
